Olá @lucasreis!
Consegui simular este mesmo problema utilizando o recurso Application Proxy para substituir algumas propriedade da conexão de banco de dados por Variáveis Globais.
As Variáveis Globais não estavam sendo carregadas nessa operação, o que acabava gerando dados inválidos na conexão e por consequência um erro ao tentar conectar o banco de dados.
Neste cenário, caso a opção “Interromper o processo se ocorrer erro” estivesse habilitada no Extrator de Arquivos, ao invés de mostrar o erro, era exibida a mensagem “Nenhum arquivo encontrado”.
A solução para este problema foi publicada ontém:
LATROMI Web Versão 3.5.468